回答１：
たんす株がずっとたんすの中にあるのならただの株券（紙切れ）でしょうが、それを売却したときの取得価格の評価の問題だと思います。

売却価格−取得価格＝譲渡所得・・・１年間の通算でプラス・マイナスを出すわけですから、取得価格を実際の取得価格、みなし取得価格、名義書き換え日（または取得日）の終値の３つの中から選択しますね。

一般的に一番高い価格を選ぶでしょうから、この手続きが自分でできるならば、２００５年１月以降でも、たんす株の売却と所得税の申告はできるのではないでしょうか？

たとえ１２月までに証券会社の特定口座に入れた場合でも、取得価格を証明する資料がなければ現在の株価より低いみなし取得価格として手続きされてしまうと思います。

うがった見方かもしれませんが、証券会社の特定口座は囲い込みの道具として使われているように感じます。

回答２：
　本年６月に、「株式等の取引に係る決済の合理化を図るための社債等の振替に関する法律等の一部を改正する法律」が公布され、公開会社については株券のが電子化されることになっています。詳細については、日本証券業協会ホームページの「証券決済制度改革」に説明されていますので、そちらをご覧になることをお奨めします。

以上